蓝藻又称蓝绿藻，藻体具有特殊的色素，一般呈蓝色，是藻类中最原始的类群。细胞内没有真正的细胞核，仅有核质，不具核仁和核膜。蓝藻划分未三个纲，即色球藻纲（chronococcophyceae）、念珠藻纲(Nostocophyceae)、真枝藻纲（Stigonemaphyceae）。

 现在蓝藻是广适性藻类，在85℃的温泉中，在高山的冰雪中，在海洋及淡水中均有蓝藻生存。

形态

  蓝藻的细胞壁由里外两层组成。内层薄而坚固，有一定数量的纤维素组成。外层为胶质衣鞘或简称胶鞘,主要成分为果胶质。蓝藻的胶鞘在化石中往往可以很好的显示出来。

  蓝藻的体型可分为单细胞、群体和丝状三大类。现在蓝藻中单细胞体型的属种很少。群体体型是在细胞分裂后，子细胞仍聚在一起，外披以公共胶鞘所造成，又称为胶团群体。若细胞分裂面有一主导方向就形成了丝状体型。在这一个主导方向上，相邻细胞以壁相贴，沿此主导方向细胞反复分裂则形成丝状体。一条丝状体，包括里面的藻丝（trichome）和外面的胶鞘，又称为丝体（filament）。

无论是漂浮的还是附生的蓝藻，在自然界中经常有一定的集聚形态，呈团块状，丛状、皮膜状，或呈其他形态。

在蓝藻中，除颤藻科Oscillatoriaceae外的所有丝状种类，经常产生一种特殊的细胞，称为异形胞（heterocyst）。异形胞的形状和大小明显的区别于藻丝中其他营养细胞。在藻类中，有异形胞的种类肯定是蓝藻，但蓝藻并不都具有异形胞。

化石蓝藻

最早的可能是蓝藻的化石发现于西澳大利亚的35亿年前的瓦拉乌那群（WarraroonaGroup）。早元古代的蓝藻化石以北美19亿年前的冈弗林特组和18亿年前贝尔彻群(Belcher Group)的蓝藻化石为代表，已出现三种基本形态类型，即胶团群体类型，具隔壁的丝状类型和管状胶鞘化石类型。在早元古代的许多丝状体化石分类上是不十分明确的，中元古代即14—10亿年前的斯基洛盖勒白云岩（Skillogalle Dolomite），中澳大利亚9-10亿年前苦泉组（Bitter Springs Formation）以及华北高于庄组，雾迷山组的化石为代表，出现了许多可以和现代蓝藻进行类比的丝状蓝藻化石类型，甚至可见异形胞。有许多丝状蓝藻可以归属于现代蓝藻的科级分类单位，如颤藻科，胶须藻科等。真分枝的蓝藻化石出现于古生代。

化石蓝藻按照造岩作用的不同可划分为非骨架蓝藻和骨架蓝藻。前者常分散保存于岩石中，不起支架作用。后者以原地生长的形态保存成化石，并对碳酸盐岩的形成起到格架，障积或绑结，披覆作用。

 Girvanella Nicholson et Etheridge(葛万藻) 钙质管体呈弯曲状，很少分叉，管径稳定，平均为10-30μm。具相当厚的管壁。管内一般未见分隔，管体可以是游离地分布于岩石中，但更常见的是相互缠绕成各种形状和大小不同的团块。分布于世界各地的寒武系至白垩系。骨架钙质蓝藻。

(奥特藻) Ortonella及其相近的若干古生代、中生代的属（Bevocastria,Cayeuxia,Garwoodia,Hedstroemia等）有明显分枝的管体组成。管体聚集成瘤块状或皮壳状。大小约1-10mm。管体内部一般未见分隔。管体之间相互平行或呈辐射状排列。由于藻体季节性生长，可以在纵切面上见到生长层构造。这些属之间的重要区别在于分枝形式。Ortonella的管体呈简单双分叉。志留纪至石炭纪。骨架钙质蓝藻。